Directeur d’études à l’EPHE (École Pratique des Hautes Études), PSL, chaire « Histoire intellectuelle du sunnisme contemporain », Dominique Avon est agrégé d’histoire et licencié d’arabe. Il a été Maître de Conférences à l’Université Montpellier III, puis Professeur à l’Université du Maine, au Mans. Il a enseigné en Égypte (1992-1994) et au Liban (2004-2005). Il a été professeur invité aux États-Unis (2014), en Belgique (hiver 2015-2016) et en Italie (avril-mai 2020).

Il est membre du laboratoire GSRL-Groupe Sociétés, Religions, Laïcités (UMR 8582). Il dirige l’IISMM (Institut d’études de l’Islam et des Sociétés du Monde musulman), après avoir coordonné la Communauté thématique HEMED (« Histoire Euro-Méditerranéenne »), et codirigé l’IPRA (« Institut du Pluralisme religieux et de l’Athéisme »). Il a également présidé l’AFHRC (« Association française d’histoire religieuse contemporaine »).

Il a la charge de la collection DCIE (éditions Peter Lang).